И вот если для вашего сайта парсер работает хорошо. То тогда галочку подзапросы имеет смысл ставить.
Необходимость чистки Кеша зависит от эмулируемого сценария:
# вход пользователей с новым браузером - ставим
# вход ваших постоянных польщователей - не ставим
И повторюсь, имеет смысл, только если парсер jmeter в полной мере парсит ваш сайт.
Для сайта
jmeter.apache.org его полнота 100%, а для сайта
mos.ru - 9,72%.