Из алгоритма на коленке:
1. Выбрать все kml из базовой директории геофабрики.
2. Преобразовать все kml в shapely.Polygon и определить включает ли этот полигон в себя geojson переведённый в такой же shapely.Polygon.
poly1.contains(poly2)
3. Если включает, проваливаемся в папку ниже с именем kml файла и повторяем процедуру.
4. Находим конечный
shp.zip, качаем и распаковываем.