мы деплоим с помощью elastic beanstalk, все модули установлены в енв и прописаны в requirements. wsqi (Apache) не может увидеть flask модуль
Вы все равно даете очень мало информации, мне тяжело вам помочь.
Скорее всего вы имеете ввиду wsGi и почему апач все равно непонятно. Гуникорн можно поставить просто как питоновый пакет и им вызыаать
gunicorn wsgi:app
Что значит "увидеть" тоже до сих пор хз.
У beanstalk под капотом все равно ec2 и к нему можно зайти по ssh. Поищите ваше приложение там, попробуйте запустить руками. Если запуститься и не открывается в браузере - значит проблема в сетевых настройках