ты хочешь поднимать разные версии проекта на одной базе без полной потери данных?
Миграция предполагают откат обратно
Например, для приложения someapp последняя миграция - под индексом 0010
manage.py migrate someapp 0009
и вот ты откатился
при условии, что кастом миграции написаны правильно, миграции предполагают откат без последствий
Можно до переключения версии проекта откатиться, а потом уже переключить версию;
Чтобы упростить регистр версия проекта->список необходимых миграций, я бы, наверное, расширил табличку django-migrations и писал бы туда еще версию релиза,
тогда можно будет понять куда надо откатиться для той или иной версии проекта
вероятно, чтобы это работало хорошо, стоит писать тесты на успешный реверс миграций
(всё описанное выше - какая-то лютая дичь, но как лучше решить такую задачу - я не придумал)
Но в общем-то, гемморно это все и фишка докера в автономности и атомарности - есть система, не отчего-либо извне не зависит, надо - собрал, запустил