нет, это не влияет на надёжность, директория с проектом монтируется (проект хранится там же, где и хранился)
кстати, я бы сказал, что PyCharm в контейнере - это такой способ её пиратить [не надо их пиратить, они хорошие, я лишь обращаю внимание на возможность этого через контейнеры]