htop смотрел в момент "тормозов" ?
смотри основные метрики - проц, память, дисковая. если во что-то упираешься, смотри из-за чего такое происходит. если ни во что не упираешься а система все равно тормозит - смотри код, чего такого тяжелого/длительного запускаешь.