все с ним так... просто есть вопросы вкусов и привычек...
PDO удобнее в том, что ты можешь без заморочек сменить саму СУБД. mysqli удобнее тем, кто избавляется от лишних уровней абстракций и кто понимает, что будет всегда пользоваться только MySQL. Насколько помню, PDO не все возможности MySQL может реализовать из-за того, что как раз ориентирован на общий API для всех СУБД.
Тоже относится и к более высоким уровням асбтракции... С Doctrine, например, намного проще все писать и все супер-удобно, но это еще один "лишний" уровень абстракции (притом многоуровневой абстракции, в отличие от PDO)