А что мешает это делать в конструкторе?
То, что чисто логически зависимость может быть опциональной. Если зависимость опциональна, то, имхо, внедрять через метод или пропертю — адекватно. Без разницы "вручную" или с помощью автовайринга. Только уточню, что если кто-то и решит так делать, то я был бы против варианта с использованием аннотаций прямо в классе. Уж лучше тогда вынесенную в какой-то конфиг конфигурацию.