вы можете отключить хранение информации о правах в git-е:
git config core.fileMode false
тогда изменение прав не будет считаться git-ом как изменение файла
Дело в том что на старом юзере я просто залконил этот проект и установил, не выставляя нигде права, а на новом юзере немогу, это надо решить, что не так с новым юзером