Дорогая ли транзакция, если никаких запросов в базе делаться по ней не будет? Просто откроем 3сек и закоммитим.
Пс. в проекте можем одновременно работать с 2мя базами, но обычно только с 1й из них. И чтобы не париться - раздумываем всегда оборачивать код в транзакции с двух баз(если не дорого такое) MYSQL InnoDB