для SAM серии МК у атмела есть SAM-BA (SAM boot assistant). Принцип был такой.
- у МК зажимаешь ногу Erase (не помню питание или земля), включаешь питание, он трёт твою флэш. отключаешь питание
- у МК зажимаешь ногу Test (не помню питание или земля), включаешь питание, он записывает во флэш загрузчик, который может общаться с SAM-BA. отключаешь питание.
- включешь питание и через SAM-BA делаешь, что нужно