Если хотите работать с кубом, используйте его как генератор кода, а пишите в другом ide, например eclipse.
Создаём выше уровнем папки куба main.cpp, в нём у вас фриртосовские таски, очереди и тд, с которыми работаем.
В файлах, которые сгенерил куб ничего не трогаем.
Куб так ничего лишнего не затрёт.