Да, в нем хранится информация связанная с определенным кодом в хешированном виде, которая при необходимости дехешируется и даёт данные определенным плагинам (кстати не только майнкрафт ), единственные файлы в плагинах, которые можно редактировать, отредактировав правильно жсон файл ты можешь отредактировать код самого мода, так ЧТО технически моды можно переписывать на жсон