для организации (или ИП) в целом может выбираться либо ОСН, либо УСН. А ЕНВД облагаются отдельные виды деятельности, которые могут совмещаться с другими видами, облагаемыми по ОСН или УСН - что там было выбрано.
Поэтому не может быть организаций "только на ЕНВД" - даже разовая операция, навроде продажи ОС, мгновенно рушит эту иллюзию: не может реализация основных средств облагаться ЕНВД, так что сразу же возникает обязанность подать декларацию и уплатить налоги по ОСН/УСН.
Поэтому нет смысла копаться в учетной политике - там все правильно, надо смотреть настройки видов деятельности и параметры конкретной реализации - она может облагаться, как ОСН/УСН, так и ЕНВД.