Тогда сделать проверку, в модуле обмена с б24. Перед созданием контрагенты. Если есть контрагент у партнера, тогда не создавать новый, а обновлять из Б24. Либо вообще ни чего не делать.
если когда нибудь будет похожая проблема отключите галочку "контроль дублей при выгрузке в Битрикс24" )