Похоже, надо просто тикет открыть на их ишью трекере на тему multiple hardware configs. Наверняка у них в загашнике лежит какой-то трюк на эту тему. Прошлый раз мне красивый трюк показали с
#define INST_HAS_RESET_OR(inst) DT_INST_NODE_HAS_PROP(inst, reset_gpios) ||
#define ANY_INST_HAS_RESET_GPIOS DT_INST_FOREACH_STATUS_OKAY(INST_HAS_RESET_OR) 0