От МК зависит.
Есть много вариантов.
От использование таймера с repetition counter (TIM1/8, ...) до Gated Mode (окошко рисуется master-таймером с кратной частотой) или использование DMA для настройки ARR/CCR.
Для ПНЧ, скорее всего, достаточно менять частоту изменением регистра периода (ARR)