1. Порядок бит в посылке SPI не зависит от порядка бит в памяти. Он зависит от логики SPI.
2. ЕМНИП в SPI STM32 есть бит LSBFIRST, который делает то, что вам надо. Проверьте в RM, мне сейчас не слишком удобно его открывать.
3. Порядок бит можно перевернуть софтово, способов много.