Да, в Programming Manual описывается само ядро, а также какие именно опции были выбраны для реализации в этой линейке контроллеров.
Ядра ARM имеют разные конфигурации, которые производитель может выбирать по своему усмотрению. В PM обычно пишут, какие решения были приняты при интеграции ядра в систему. Скажем, оттуда можно узнать, что в STM32 ядро используется в конфигурации, поддерживающей little endian.