Или прошивка в два этапа. Сначала вычитать силами прошиватора uniq id на сервере получить прошивку только под этот камень, но бутлоадер сопрут. Не подходит под задачу
Я вижу только вариант шить бутлоадер со встроенным ключом индивидуальным для каждого контроллера и надеяться, что бутлоадер невозможно вытащить из контроллера.