я вообще делаю так:
сд карта, два раздела, один бут с бинарниками, второй с рутфс.
не забудь монтировать первый раздел при загрузке ядра. Если ты решишь обновить ядро из мейнлайна(если там конечно все хорошо), то оно тебе модули обновит все, а ядро нет