WFI отрубает ядро, но не периферию.
Что WFI, что WFE отключает все.
Должен быть установлен бит SLEEPDEEP в SCR, а также биты в PWR->CR, один отвечающий за переход в режим STOP или STANDBY, по вкусу, а второй - за перевод регулятора в низкопотребляющий режим.