Petr Belyaev
Это касается не только таймера. С EXTI была такая же проблема. Решалась через барьер (DSB или что-то подобное) или при чтении-записи в регистр с соответствующим флагом (TIM->SR = TIM ->SR)
Тоже вспомнил сразу про барьеры. У st даже презентация на эту тему есть, вроде.