Тут не хватает переменных. Отладчик подключен когда подключен ЛА или нет?

Тут уже разобрались с OSPEEDR, я гляжу, но я все равно приведу документальные доказательства своей позиции. :) Ну не зря же я страницы искал, правда? :)

Итак, DS8626, даташит на STM32F407, страница 117, таблица 50, "I/O AC characteristics", примечание 2:

The I/O speed is configured using the OSPEEDRy[1:0] bits. Refer to the STM32F4xx reference manual for a description of the GPIOx_SPEEDR GPIO port output speed register.

Плюс собственно вся таблица иллюстрирует зависимость предельной выходной частоты от настройки OSPEEDR.

RM0090, Reference Manual на STM32F4, страница 275, п. 8.3.9, "Input Configuration":

The data present on the I/O pin are sampled into the input data register every AHB1 clock cycle

Кроме того, в этом же документе в п. 8.3.10, "Output configuration" написано то же самое:

The data present on the I/O pin are sampled into the input data register every AHB1 clock cycle

Вывод: вход работает одинаково, независимо от того, настроен порт на вход или на выход. А вот скорость выхода настраивается.

примерно также, это как? Потому что примерно также, как и раньше ел - это не означает что ешь сейчас вдосталь

По теме: а можно посмотреть полную осциллограмму обмена по шине? Именно осциллограмму, а не картинку с логического анализатора.

Или хотя бы SCLK и SO, если нет четырехканального осциллографа под рукой. В идеале SCLK-SO, SCLK-SI, SCLK-CS.

Синхронизацию стоит установить по SCLK.

мьюткс беру на каждую атомарную запусись/чтение. флешкой пользуется LittleFs и код который пишет raw данные

Хм. Есть подозрение, что у вас логически проблема во взятии мьютекса.
т.к. вы должны брать его на все время записи/чтения, если их будет несколько идти, чтобы логически не мешать события на шине

Грубо говоря- формировать очередь запросов на шину.

вопросец. Есть. Взял готовую функцию кодирования в base64. Вот она  https://pastebin.com/JfMSv6w5.
char* base64_encode(char* plain)  
char* cipher = malloc(strlen(plain) * 4 / 3 + 4);
........
  return cipher;

есть malloc но нет free...правильно ли будет вызывать в своем коде:

char  *encoded;
encoded =  base64_encode((char *)uri_buf);
.........обработка....
free(encoded);

заметил утечку памяти если malloc не вызывать

ну как бы ожидаемо, что утечка была замечена

но это нездоровая херня внутри аллочить память и отдавать ее наружу

А как работают вагон сишных API?

согласен...

в таком случае, сравнимо с дрочкой вприсядку. Странно, бесмысленно и порой беспощадно

createSomething( pOutPtr**);
deleteSomething(pObject*);

лол

Вот такого добра примерно вагон и маленькая телега, не?

а как верно отдавать указатель и длинну строки.

Быть человеком и вернуть std::string