Получается ты конфигурируешь не свое приложение, а экто, феникс и тыды. Исходя из такой логики ИХ конфиг тоже должен отдельно лежать, а потом оттуда импортироваться
Если a_app может запускаться отдельно, то phoenix нет. Точно так же, как ssl или libc ты не будешь выносить в микросервис, потому что это либа не существующая отдельно. А вот web app, auth service, admin app вполне выносятся в микросервисы и может иметь смысл запускать их физически в одной или на разных ноудах.