А вот сделать в phoenix опциональное включение pipeline, это адекватная идея? Например включать pipeline аутентификации только если в базе есть пользователи
Как правило у тебя есть роуты требующие авторизацию (по заголовку или ещё чему нибудь) и не требующие. К примеру раут входа или регистрации будет странно сделать требующим авторизации. Они допускают анонимное использование, а остальные "закрытые" рауты требуют. Вот и применяешь этот пайплайн только к тем раутам, которые "закрытые".