У тебя докер по сути виртуалку стартует. Тормоза когда в эту виртуалку мапится директория с хостовой системы.
Как проверить догадку - зайти в докер, в / замерить скорость через dd, потом зайти в папку которая маунтится на хостовую систему и там тоже сделать dd. Должна быть очень существенная разница.
Также strace тебе наверняка покажет почему тормозит. Главное назначь контейнер как privileged: true (чото такое) тогда strace заработает.