Можно в csproj указывать PackageReference Include без Version, а в одном месте (Directory.Build.targets) делать PackageReference Update с указанием Version
Можно на каждый пакет завести свойство в Directory.Build.props и в сsproj указывать версию пакета через переменную msbuiild
В прошлом году начали пилить еще Directory.Packages.props - вроде все еще в бете