это как ui, который пишет программист. у него был свой контекст и т.д. при решении как сделать. и про пользователя он не думал.
это называется просто историческое развитие
все фичи гита не планировалось сразу скопом, а появлялись со временем, если мы говорим о флагах
имхо чекаут не такая уж и непонятная команда, взаимосвязь между действиями есть определенно