Не вижу корреляции между нагрузкой на базу и автомиграциями. Никак от нагрузки не зависит
На нагруженных БД часто есть специальные люди, которые заведуют миграциями: вручную их просматривают и организуют поэтапное накатывание скриптов.
Поэтому таки автоматические миграции там, и правда, используются реже.
И это я говорю про настоящие автоматические миграции, а не про то, что этим словом названо в EF.