Хотелось бы, чтобы после изменения конфига каждый раз не приходилось делать его source, возможно написать скрипт, который парсит конфиг и передает его в переменные оркужения, а этот скрипт вызывать из остальных скриптов?
Ну ты не говоришь, как часто конфиг меняется.
Если ты хочешь парсить конфиг, то тебе нужно найти/придумать language-agnostic формат для конфигов, который легко парсить и в шелле, и в питоне.
В целом, ничего тебе не мешает сделать простой key-value-формат а-ля ini, только без секций.
Не думай по поводу «нагрузки» на файловую систему — файл с конфигом кэшируется ядром при первом же обращении.
Каждый раз парсить файлик из даже 100 строчек с переменными — это фигня.