Вниз SQL не всегда масштабируется. Подход с Makefile + скрипты на SQL требует кучу файлов, что на небольших проектах создаёт кучу оверхэда, требует много времени и каждую операцию.
Датафреймы удобнее, чем SQL, тем, что можно типовые скрипты написать и при помощи того же Makefile обрабатывать. При этом каждая дополнительная операция не создаёт новый файл SQL, а только строку в Makefile.
В общем, на небольшом масштабе GDF+Makefile работает хорошо. Если надо будет большие объёмы - тогда Postgres.