Я: да пусть все миграции от двух проектов, у которых общая база, хранятся в одной таблице django_migrations. Крайне маловероятно, что у нас будут миграции с одинаковым номером и названием
Django: 0001_initial.py
Сабмодули или похожие инструменты решают проблему. Если есть у двух сервисов общий набор моделей для единой БД, то делается отдельная репа для этих моделей, а в проекты подключается в виде сабмодулей или как-то ещё.