1. error.log в репозитории, нафига ? без него может быть репозиторий?
2. почему корень репозитория доступен веб серверу, а не отдельная папка public например, чтобы файлы не были доступны пользователям?
3. test.php нафиго оно ?
4. helpers.php просто можно выкинуть сразу.
да есть мусоры, я просто не обрашал внимание на эти файлы