Как человек, пишуший на яве, если вы хотите что-то поделать со всякими циферками, битиками, массивами, а я понял задача такая, то в этом плане язык по синтаксису мало чем принципиально отличается от того же С. У вас будет примерно такой же низкоуровневый код. Но вам придется тащить jvm и обвязку, кстати есть ли она на вашу целевую железку? Если же вам надо пойти дальше и подергать регистрики, драйверы и системные вызовы, то тут в яве все очень сложно. Вам скорее всего придется это реализовывать в виде native методов, написанных на С.