Ну тут второго индекса будет достаточно.(
https://docs.mongodb.com/manual/core/index-compound/#prefixes)
Я бы не давал возможности монгусу делать индексы
А еще бы я хотел бы не давать возможности юзать монгусь=)
По поводу какой индекс выберит монга это надо смотреть квери планер
А он как он делает свое предпочтение это black box.
Знаю что зависит от многих параметров.
Например если данных не много он может вообще забить на индекс и сразу делать COLLSCAN.
Ну если вдруг ты умнее квери планера то можно делать hint