Смотри, объясню. Вот у тебя есть допустим кнопка "регистрация", ты ее нажимаешь и твой бот отправляет какое-то сообщение. Ну, самый банальный флоу.
С точки зрения логики разделения обязанностей, твой бэк для сайта должен принять запрос, перевести на нужный контроллер, а контроллер уже своими средствами, будь то банальный внутренний HTTP запрос либо же посредством брокера сообщений передает бэкенду бота команду о том, что нужно отправить сообщение.