Самый сок сами монго пишут
The OLTP benchmark was based on a teaching example for Python users written by a MongoDB developer advocate […] Ongres ported it to Java and then built benchmarking on top of that. This led to unnecessary uses of $lookup (JOIN) aggregation and other relational traits in MongoDB which are known to impact performance simply because MongoDB is not a relational database
Проблема в том, что стандарт хранения данных постфактум реляционный, почти всегда ты к нему придешь, и сейчас они говорят, что со своими агрегатными функциями хорошо справляются с этим, пусть и соревнуются тогда.