стыдно задавать такое, как-то были две команды элегантные котоыре выставляли верные chmod права на папки и файлы, что-то типо find . -type d -exec chmod 755
не могу найти тут или в инете, есть у кого под рукой?)
find /var/www/sites -type f -exec chmod -c 0644 '{}' \; find /var/www/sites -type d -exec chmod -c 0755 '{}' \;