Да не, один.
Я выполнил nginx -s reload, а когда выполнил service nginx reload,то без проблем пререзапустил сервер
Инклюды лучше делать с маской типа *.conf, а то некоторые любят всякие.bak .bak2 .bak_pre_relase создавать) ну и ваше лучше ансиблом все конфиги делать)