В общем что выяснил. В логах никакого криминала не заметил. Когда выполняется задание по крону, то вижу много работы с корзиной, удалялись файлы и директории... Короче не понял почему так много работы для скрипта крона скопилось, что он не успевал за 5 минут ее сделать. Остановил задание в кроне и запускал несколько раз скрипт вручную. В итоге он постепенно стал отрабатывать быстрее, пока выполнение скрипта не стало мгновенным (менее секунды). Включил задание в кроне. Буду наблюдать