Смотрите лог сразу после попытки удаления. Что еще подсказать не знаю даже. По идее если файлов реально в каталоге пользователя нет, то после пересканирования (occ files:scan) они и в веб-интерфейсе должны исчезнуть.
Кстрате, у меня была такая же шляпа. Лежало в облаке большое видео. Синхрится с пк на винде через офф приложение. В итоге видео путем вырезать-вставить перенес в другое место (из облака), но при этом оно типа "осталось" в облаке с аналогичными симптомами. В итоге я делал плпытки его убить и у меня получилось, но вот какое решение было в итоге не помню и не записал никуда...