Может там используется что-то, что формат епс не описывает, и это надо сохранить не так, как ты видишь, а с потерей информации (какие-нибудь маски шейпов превратить в готовые фигуры).
ладно, раз день доебчивых вопросов: а почему в индизайне иногда (часто) после экспорта во вкладке с названием файла появляется звездочка, типа внеслось какое-то несохраненное изменение. как экспорт может изменить файл?