iptables и SELinux абсолютно разные темы братан, неправильно их сравнивать. Если iptables обертка сверху netfilter, то SELinux решает и процессы и файлы и весь access control вокруг ядра.
На продовых системах у буржуев даже не думай отключать они к нему серьезно относятся, его же NSA по началу разрабатывала. Для работы с ним есть парсеры правил специальные из набора setools-console.