Agentless - это не плюс, а один из способов получения данных об объекте мониторинга. Bad GUI - не соглашусь. Стандартный GUI да, бедноват, а вот Thruk очень мощный GUI для Nagios + REST API. А вообще порочная практика так абстрактно сравнивать продукты. Все зависит от ваших задач, инфраструктуры, выделенных финансов, навыков ваших коллег по ИТ и т.д.