МИ
Отчёт о покрытии в любом случае строится после прогона тестов, в процессе прогона его как-то бессмысленно запускать. Поэтому, видимо, подразумевается, что при прогоне должно быть замерено покрытие конкретного теста, а после прогона тестов уже будет построен отчёт.
Для включения снятия покрытия Devel::Cover-ом нужно его подключить примерно так:
-MDevel::Cover=+ignore,\\.t$
(я так делаю)
при этом без разницы, через что там был запущен тест.
ну а уже после прогона тестов запускаем построение отчёта командой cover