Насколько я понял суть в том, что при бинарном бэкапе сертификаты переезжают, но вот с их работоспособностью возникают проблемы.
я тут мимокрокодил. насколько я читала, нормально переезжают сертификаты, сгенерированные на самом микротике, а импортированные - нет. но лично не проверяла пока