Драйвера eToken должны быть установлены и на сервере, и на клиенте. При этом в терминальном клиенте должна быть включена опция использования локальных ресурсов смарт-карт.
В случае, если ключ всё же не виден, в eToken Properties необходимо проверить наличие виртуальных считывателей непосредственно на сервере. Если их количество равно 0, то локально на сервере, в eToken Properties, необходимо увеличить их до 1 или 2.
Это попробуйте