Трудность может возникнуть в том, что для этого метода максимальные порядок производной в левой части уравнения должен быть первым.
Т.е. если есть уравнение вида y'' = f(y', y, x, t)
то нужно делать замену переменных чтобы y' = g
тогда вы получите 2 уравнения в системе вместо одного
g' = f(g, y, x, t)
y' = g
и решить с помощью метода Рунге-Кутта уже можно такую систему.