В укор автору некоторыми специалистами было поставлено продвижение собственной исторической концепции, согласно которой российские власти всемерно содействовали евреям, а они в ответ спаивали и порабощали русский народ, а также разрушали страну. Для этого автор, по мнению критиков, манипулировал использованными источниками, выпячивая то, что его концепции соответствовало, и замалчивая то, что ей противоречило[6][7][8].
Канадский славист Зинаида Гимпелевич отмечает, что это самая спорная из книг Солженицына. Книга была оценена критикой как выдающееся интеллектуальное достижение «стареющего писателя». Однако при этом были отмечены предвзятость, догматизм, явные упущения и некорректные интерпретации[9].
Историк Йоханан Петровский-Штерн писал, что книга эта «самая что ни на есть антиеврейская, да ещё приправленная псевдонравственными сентенциями и обставленная псевдоакадемическими атрибутами» и что она «закрепляет все самые лживые, дурные, безосновательные, предрассудочные и, увы, ультраконсервативные представления о евреях, сложившиеся в традиции русской мысли»[6].
Историк Геннадий Костырченко в журнале «Лехаим» отметил, что заявленная авторская позиция «над схваткой» является не более чем декларацией, поскольку в реальности Солженицын «стал обосновывать в основном только коллективную историческую вину одной стороны — еврейской. И именно эта подспудная направленность и стала одной из главных несущих конструкций идеологического каркаса книги»[7]. В другой статье в том же журнале, сравнивая «Двести лет вместе» с книгой историка Олега Будницкого «Российские евреи между белыми и красными (1917—1920)», Костырченко пишет, что «Солженицын, исследуя „раскалённую“ тему, задаётся вопросом „кто виноват?“ (и чаще отвечает: „евреи“)», а Будницкого прежде всего интересует фактическая сторона дела, и что Солженицын торопится вынести приговор, а Будницкий стремится к установлению истины"[10]. Он также писал в монографии «Сталин против «космополитов». Власть и еврейская интеллигенция в СССР», что «в итоге бурного обсуждения большинство специалистов склонилось к тому, что этот труд, хотя и произвёл позитивный просветительский эффект, в научном отношении далёк от совершенства»[11].
Библиограф Арон Черняк в статье на сайте «Тель-Авивского клуба литераторов» считает, что «как историческое исследование книга А. Солженицына „Двести лет вместе“ не может быть признана профессиональной, она не отвечает своей цели. Автор не создал какой-либо новой концепции развития еврейского вопроса в дореволюционной России. Основная задача исследования сформулирована недостаточно чётко, однако явно ощущается тенденция: смягчение официальной политики в еврейском вопросе, провозглашение равной вины и ответственности русской и еврейской сторон, а в некоторых случаях — преобладания в этом плане еврейской стороны. Общая картина, нарисованная автором, неполна и, главным образом, смещена по важным акцентам, далеко не всегда соответствует действительности»[12].
Обозреватель журнала «Новое литературное обозрение» Борис Витенберг отмечает, что чем ближе к теме истории евреев в дореволюционной России была специализация автора отзыва, тем более критичным он был по отношению к Солженицыну, и, напротив, чем дальше компетенция рецензентов от проблематики книги, тем более восторженными были их оценки. Кроме того, он указал, что наиболее жёсткой критике книга подверглась со стороны учёных-историков, специализирующихся на данной теме[13].